Фармацевтската комора на Македонија има надлежности утврдени со Законот за здравствената заштита на РСМ.  Комората ги врши работите кои се однесуваат на:

• пробна работа и полагање на стручен испит на здравствени работници со високо образование од областа на фармацијата;
• издавање, продолжување, обновување и одземање на лиценци за работа на здравствени работници со високо образование од областа на фармацијата;
• признавање на пробна работа и стручен испит што здравствените работници со високо образование од областа на фармацијата ги поминале и положиле во странство;
• утврдување облици, критериуми и постапка за континуиран професионален развој;
• водење регистар на издадени, продолжени, обновени и одземени лиценци за работа;
• водење регистар на фармацевти – членови на Комората;
• вршење надзор над стручната работа на здравствените установи и здравствените работници – фармацевти кои работат во нив;
• заштита и унапредување на стручноста и етичките должности и права на здравствените работници со високо образование од областа на фармацијата;
• заштитата на интересите на фармацевтската професија;
• други работи утврдени со закон.