За да се овозможи активна положба и улога на фармацевтите во остварувањето на дејноста, целите и задачите на Комората, нејзините членови се организираат врз територијален принцип – на 8 територијални единици.
Фармацевтите со живеалиште или престојувалиште на подрачјето на една територијална единица го сочинуваат членството на Комората од таа територијална единица.