Mbikëqyrja profesionale mbi punën e institucioneve shëndetësore dhe punëtorëve shëndetësorë është autorizim publik, të cilin Oda Farmaceutike e Maqedonisë e ka fituar me miratimin e Ligjit për kujdesin shëndetësor në vitin 2012 (Gazeta Zyrtare e Republikës së Maqedonisë 43/2012). Mbikqyrja profesionale kryhet me qëllim të kontrollit mbi punën profesionale, zbatimin e udhëzimeve profesionale, vlerësimin e punës profesionale, si dhe vlerësimin e kushteve dhe mënyrës së ofrimit të kujdesit shëndetësor.
Mbikqyrja mund të jetë e rregullt ose e jashtëzakonshme. Mbikëqyrja e rregullt kryhet sipas një plani vjetor të përcaktuar më parë. Mbikqyrja e jashtëzakonshme profesionale kryhet me rastin e raportit për punën e institucionit shëndetësor, përkatësisht për punën e barnave në kryerjen e veprimtarisë farmaceutike shëndetësore. Aplikimi mund të dorëzohet nga pacienti, një anëtar i familjes së tij dhe nga organi shtetëror. Mbikqyrja profesionale kryhet nga praktikantë që janë farmacistë që plotësojnë kritere të përcaktuara.
Gjatë mbikëqyrjes profesionale kontrollohet organizimi i punës së institucionit shëndetësor, mënyra e funksionimit të institucionit shëndetësor, kualifikimi profesional i farmacistëve, përshkrimi i punës, të drejtat dhe detyrimet e farmacistëve, puna profesionale e farmacistëve, edukimin e tyre në vazhdimësi, menaxhimin e librave zyrtarë dhe zbatimin e rregulloreve ligjore dhe udhëzimeve profesionale. Me qëllim të kryerjes objektive, efikase dhe cilësore të mbikëqyrjes profesionale, pa ndikim subjektiv të ekzekutuesve, përdoret Lista e treguesve gjatë zbatimit të saj. Pas përfundimit të mbikëqyrjes eksperte, përmbaruesit përpilojnë një raport të cilin ia dorëzojnë Komisionit në Odë përgjegjëse për mbikëqyrjen e ekspertëve. Komisioni më tej dorëzon raport në Ministrinë e Shëndetësisë.
Nëse zbatuesit konstatojnë parregullsi në punë, janë të detyruar të japin udhëzime për heqjen e parregullsisë. Gjithashtu ata janë të detyruar të japin udhëzime për përmirësimin e punës në tërësi. Nëse farmacistët dhe objekti shëndetësor nuk i zbatojnë udhëzimet brenda afatit të caktuar nga përmbaruesit, atëherë Komisioni njofton organet kompetente shtetërore, organet dhe trupat e Odës.